Hlutverk Náttúrustofu Austurlands samkvæmt lögum og reglugerð:
Að safna gögnum og varðveita heimildir um náttúrufar og stuðla að almennum náttúrurannsóknum með áherslu á Austurland og sérstöðu náttúru þess.
Að stuðla að æskilegri landnýtingu, náttúruvernd og fræðslu um umhverfismál og aðstoða við gerð náttúrusýninga.
Að veita náttúruverndarnefndum á starfssvæði stofunnar upplýsingar og ráðgjöf á verksviði stofunnar samkvæmt ákvörðun stjórnar náttúrustofu hverju sinni,
Að veita ráðgjöf, sinna rannsóknum og sjá um vöktun að beiðni sveitarfélaga, ríkis eða stofnana þeirra, einstaklinga, fyrirtækja eða annarra aðila,
Að annast almennt eftirlit með náttúru landsins, sbr. 7. gr. náttúruverndarlaga, nr. 44/1999, einkum í þeim landshluta þar sem náttúrustofan starfar; Umhverfisstofnun skal gera samning um slíkt eftirlit við náttúrustofur sem staðfestur er af ráðherra.
Að annast vökun og rannsóknir á íslenska hreindýrastofninum